Foto: Gigantes. Drazen Petrovic ante la defensa del Baskonia.
Así fue la temporada
En el inicio de la temporada 88/89 Josean Querejeta se retira como jugador, el equipo apenas sufre cambios y llegan el ala pívot americano Ralph McPherson procedente del baloncesto alemán, el center nacional Julio Torres y el base catalán José María Alarcón.
Querejeta pocas semanas después de su retirada se ofreció como candidato a la presidencia del club y José Antonio Santamaría cedía su puesto al ex jugador basconista.

Siendo uno de los dirigentes más jóvenes del baloncesto ACB iniciaba el proceso de conversión del club en Sociedad Anónima Deportiva, tal como exigía por entonces la Ley del Deporte.
El CD Basconia se convertía en la primera entidad del deporte profesional español en realizar esta transformación y nacía con el nombre de SASKI-BASKONIA S.A.D.
A nivel deportivo de nuevo el equipo dirigido por Manu Moreno va afianzándose como aspirante a convertirse en un equipo de la A-1.
El Baskonia fue capaz de ganar al Real Madrid por 99-90 de Drazen Petrovic, Fernando Martín, Biriukov, de Lolo Sainz que venía de lograr unos días antes la Copa del Rey.

La Liga ACB se amplió a 24 equipos y la competición. El Baskonia inició el curso formando parte del grupo A-1. El séptimo puesto de la primera fase de la Liga le llevó al Grupo II, que lideró tras 14 jornadas con 11 victorias.
El Real Madrid de nuevo rival en los Playoffs
El Real Madrid volvió a ser su rival de en 4º de final al mejor de tres encuentros.
Los blancos lograron imponerse 105-90 en el Palacio de los Deportes y en Mendizorroza. El Madrid tuvo que sudar hasta el final para ganar 77-81 ante un Baskonia que ya supo lo que era ganar al equipo de Lolo Sainz, Fernando Martín y Drazen Petrovic en ese mismo escenario unos meses antes y que estuvo a un palmo de haber vuelto a conseguir.
El curso se cerró con buena nota sumando 21 victorias en 38 jornadas. El Baskonia ocupó la 7ª posición.

Resumen de la temporada
- Clasificación: 7º
- Balance Mendizorroza: 15 victorias y 4 derrotas
- Balance visitante: 7 victorias y 12 derrotas
- Mejor racha: 6 victorias
- Peor racha: 4 derrotas
- Primera Fase: 10 victorias y 12 derrotas
- Segunda Fase: 11 victorias y 3 derrotas
- Playoffs: 0 victorias y 2 derrotas
- Total: 38 partidos, 21 victorias y 17 derrotas




